Σε χωροταξικό επίπεδο η Θεσσαλία διαθέτει από το 2003 Περιφερειακό Χωροταξικό Σχέδιο, το οποίο αυτή τη περίοδο είναι στη φάση της αναθεώρησης (2016). Παράλληλα, μια σειρά εθνικών Ειδικών Χωροταξικών Σχεδίων (Τουρισμού, Βιομηχανίας, ΑΠΕ κλπ), όπως και το ίδιο Γενικό Χωροταξικό Σχέδιο της Χώρας επιδρούν στη χωρική οργάνωση της Θεσσαλίας. Στο εσωτερικό της Θεσσαλίας έχουν εγκριθεί μέχρι σήμερα 13 Τοπικά Χωροταξικά Σχέδια (επίπεδο Καποδιστριακού Δήμου, βλ. Χάρτη) ενώ ένας σημαντικός αριθμός τέτοιων σχεδίων βρίσκεται σε φάση ολοκλήρωσης και τελικής έγκρισης. Επιπλέον, σε δύο ζώνες της περιφέρειας Θεσσαλίας λειτουργούν Φορείς Διαχείρισης, οι οποίοι έχουν σαν σκοπό και αντικείμενο την προστασία, διατήρηση και διαχείριση της φύσης και του τοπίου ως φυσική κληρονομιά και φυσικό πόρο. Τέλος, διάφορα θεσμικά πλαίσια με χωρικό περιεχόμενο δημιουργούν χωρικές ρυθμίσεις και ζώνες ειδικών καθεστώτων (Natura 2000-Χάρτης, Καταφύγια Άγριας Ζωής, Διαχειριστικές μελέτες Δασών, Σχέδιο Διαχείρισης Λεκάνης Απορροής κλπ) που επηρεάζουν όπως και τα προηγούμενα τη χωρική οργάνωση και ανάπτυξη στη Θεσσαλία.